Нанасэ Харука – аспирант, изучающий генетику. Потеряв сводную сестру Сиори в день великого наводнения, он много лет не мог смириться с её смертью, продолжая верить, что она всё ещё жива. Однажды его наставник, профессор Ивамидзаки, просит провести ДНК-тест 200-летнего человеческого скелета, найденного в озере Рупукунд в Индии. Нанасэ проводит анализ и обнаруживает, что ДНК на 100% совпадает с ДНК Сиори. Пока он пытается справиться с необъяснимым результатом теста, всех причастных одного за другим убивают, а скелет, хранившийся в лаборатории, похищают. Харука, преследуя тайну жизни или смерти своей сестры и совпадения ДНК, погружается в бескрайнюю тьму, связывающую прошлое и настоящее.