Коллекция Годзилла - период «Миллениум» (1999–2004)

Toho перезагрузила франшизу во второй раз с фильмом 1999 года «Годзилла 2000: Миллениум», начав третью эру фильмов о Годзилле, известную как серия «Миллениум», где каждый фильм представляет собой отдельную историю, а фильм 1954 года служит единственной предыдущей точкой отсчета.

После выхода в 2004 году «Годзилла: Финальные войны», отмечавшего 50-летие франшизы фильмов о Годзилле, Toho решила сделать перерыв в сериале еще на 10 лет.

Сюжет фильма «Годзилла против Мегагируса» игнорирует события всех предшествующих фильмов (в том числе и «Годзиллы 2000»), имея отношение лишь к «Годзилле» 1954 года, но и то с существенным изменением: Годзилла не был убит, а просто скрылся на долгое время.

В фильме «Годзилла, Мотра, Кинг Гидора: Монстры атакуют» игнорируются события «Годзиллы против Мегагируса», его сюжет напрямую связан с первым фильмом в серии, а также с американским фильмом 1998 года.

«Годзилла против Мехагодзилы-3» не является сиквелом «Годзиллы: Монстры атакуют» и триквелом «Годзиллы против Мехагодзиллы», его сюжетная линия включает в себя события фильмов «Годзилла», «Мотра», «Санда против Гайры» и «Космическая амёба». Вышедший в 2003 году «Годзилла: Спасите Токио» является прямым продолжением этого фильма.

«Годзилла: Спасите Токио» - единственный фильм о Годзилле в периоде Миллениум, сюжет которого связан с предыдущим фильмом.

«Годзилла: Финальные войны» - при бюджете в 19 миллионов долларов это был самый дорогой фильм о Годзилле. Его прокат обернулся кассовым провалом, сделал его самым провальным фильмом о Годзилле эпохи Миллениум и вторым провальным фильмом в эпопеи после фильма «Террор Мехагодзиллы».